Наука бальнеология берет начало еще в пятом веке до нашей эры. Ученый Древней Греции Геродот предложил способ лечения путем назначения к употреблению минеральных вод. Также в трудах Гиппократа в пятом-четвертом веках до нашей эры есть описания лечебных свойств соленой, морской и речной воды. А одним из первых классификаторов минеральных вод принадлежит трудам римского врача Архигену, который жил в первом веке нашей эры. Дж.Савонарола, итальянский монах 15 века, написал "Трактат о итальянских минеральных водах", который содержал помимо описаний минеральных вод еще и указания по использованию минеральных ванн. Итальянский врач Г.Фаллопий в 16 веке опубликовал свои лекции "Семь книг о теплых водах", где пытался разобраться с химическим составом минеральных вод. Изучению бальнеологии как науки положил начало немецкий ученый Ф.Гофман, который один из первых установил химический состав и наличие солей угольной кислоты, сернокислой магнезии, поваренной соли в минеральной воде. Ученый-химик из Швеции И.Я.Берцелиус в 1822 году определил точный химический состав минеральных источников в Карлбаде на Карлови-Вари, также он выработал научные методы, позволяющие определять точный химический состав воды. На фоне развития естественных наук бальнеология начала развиваться огромными скачками и выделилась в отдельную медицинскую отрасль.

О лечебных свойствах минеральной воды было известно в глубокой древности. Первым письменным источником, в котором упоминалось о водолечении, были древнеиндийские Веды (2000-1500 г. до н.э.). Однако еще задолго до появления письменности люди широко применяли воду не только для омовений тела, но и для оздоровления всего организма. Искусство водолечения было известно уже в древней Ассирии и Вавилоне, откуда оно постепенно распространилось и достигло Египта. Здесь с ним впервые познакомился древнегреческий ученый Пифагор. В IV веке до н.э начинается период расцвета водолечения на территории Древней Эллады. Особая заслуга в этом принадлежит знаменитому врачу Гиппократу. В его трактате «О воздухах, водах и местностях», в котором были заложены основы курортологии, говорится о том, что природа может не только провоцировать болезни, но и исцелять их. Уже в то время было известно о побочных действиях лекарств, поэтому особые надежды ученый возлагал на оздоровительные ванны, а не на начинавшие входить в моду пилюли.